Το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος έχει χτιστεί με βάση την ισορροπία γνωστικών αντικειμένων και ενοποιημένης μαθησιακής προσέγγισης των επιστημών που είναι αναγκαία για τη διαμόρφωση των στελεχών της νέας εποχής. Διακρίνεται από εσωτερική συνέπεια και καινοτομικότητα και αντικατοπτρίζει το όραμα δημιουργίας του Τμήματος να προβάλλει γνωστικά αντικείμενα αιχμής που διδάσκονται σε Πανεπιστήμια των πλέον προηγμένων χωρών, λαμβάνοντας όμως υπόψη τις ιδιαιτερότητες της ελληνικής οικονομίας.
Σε γνωστικό επίπεδο, η προσπάθεια να καλυφθούν ισόρροπα οι απαιτήσεις σε αντικείμενα θετικών επιστημών - μηχανικής, μαθηματικών, φυσικής, και πληροφορικής - έχει οδηγήσει σε ένα ιδαίτερα ενισχυμένο πρόγραμμα μαθημάτων κορμού στις επιστήμες του Μηχανικού. Όμως, το ΤΜΟΔ έχει ένα έντονο διεπιστημονικό προφίλ και στοχεύει να καλλιεργήσει εκείνες τις γνώσεις και δεξιότητες που δίνουν ένα διακριτό προφίλ (ή συγκριτικό πλεονέκτημα) στον Μηχανικό Οικονομίας και Διοίκησης ώστε αυτός να αποτελέσει τον ενδιάμεσο κρίκο ανάμεσα το προφίλ του «παραδοσιακού» μηχανικού και στις εξειδικεύσεις αιχμής.
Έτσι, η καλή σχέση των φοιτητών του ΜΟΔ με τα μαθηματικά και τη στατιστική σε συνδυασμό με γνώσεις προγραμματισμού Η/Υ, αξιοποιείται επαρκώς σε προηγμένες εφαρμογές στη διοίκηση επιχειρήσεων και στη λήψη αποφάσεων, καθώς επίσης και στα συστήματα παραγωγής, στην επιχειρησιακή έρευνα και στη διαχείριση έργων και λειτουργιών. Παρομοίως, μετά από ένα πακέτο βασικών μαθημάτων πληροφορικής, ο φοιτητής του ΤΜΟΔ μπορεί να εμβαθύνει στα πληροφοριακά συστήματα και τη διαχείριση επιχειρησιακών διαδικασιών. Τέλος, εστιάζοντας σε μια σειρά μαθημάτων οικονομικών και χρηματοοικονομικής, υποστηριζόμενα και πάλι από υψηλών απαιτήσεων γνώσεις μαθηματικών, στατιστικής και προγραμματισμού υπολογιστών, δίνεται στο φοιτητή η ευκαιρία εξειδίκευσης στη χρηματοοικονομική ανάλυση και στη λήψη χρηματοοικονομικών αποφάσεων με τη βοήθεια Η/Υ σε πραγματικό χρόνο.
Ένα ανταγωνιστικό Πρόγραμμα Σπουδών, που φιλοδοξεί να βρίσκεται στο επίκεντρο των επιστημονικών εξελίξεων και να ανταποκρίνεται στις μελλοντικές ανάγκες της αγοράς δεν θα μπορούσε παρά να εντάσσει δημιουργικά στο Πρόγραμμα Σπουδών την «επί τόπου» εκπαίδευση των φοιτητών, εισάγοντας το θεσμό της Πρακτικής Άσκησης.